Un atlante dei vermi per orientarci nella natura

L’atlante dei vermi potrebbe aiutare a svelare alcuni misteri dell’evoluzione animale

I ricercatori del gruppo Friedrich Miescher per la ricerca biodemica hanno contribuito a creare un atlante che collega le strutture subcellulari all’espressione genica in ogni cellula del verme marino Platynereis dumerilii, un organismo che è un modello chiave per comprendere lo studio dello sviluppo e dell’evoluzione.

L’atlante, che aiuterà i ricercatori a far luce sui meccanismi molecolari e cellulari in gioco nei nostri antichissimi antenati, è interattivo e consentirà agli scienziati di esplorare la struttura e l’espressione genica di ogni cellula trovata in un verme Platynereis.

Per lo studio pubblicato sulla rivista Cell, i ricercatori hanno combinato la microscopia elettronica con i dati di espressione genica.

In primo luogo, hanno acquisito un set di dati ad alta risoluzione di strutture cellulari e subcellulari di un’intera larva di Platynereis utilizzando un metodo chiamato microscopia elettronica a scansione facciale a blocco seriale (SBEM), che genera immagini tridimensionali da piccoli campioni. Per portare a termine l’acquisizione del set di dati finale ci hanno messo sette settimane di imaging continuo, 24 ore su 24, 7 giorni su 7.

Dopo, i ricercatori hanno utilizzato l’apprendimento automatico per identificare diverse cellule e componenti cellulari, quindi hanno combinato il set di dati di imaging con informazioni sull’espressione di oltre 200 geni – una mappatura che collega direttamente l’ultrastruttura delle cellule alla loro composizione molecolare.

Adesso, attraverso una piattaforma open source chiamata PlatyBrowser, i ricercatori possono ora esplorare e interrogare l’atlante Platynereis, una risorsa che sarà di grande valore per analizzare le relazioni tra ultrastruttura cellulare, espressione genica ed evoluzione.